특수한 목적을 수행키 위한 수입·지출을 일반회계로부터 분리하여 독립적으로 경리하는 회계로서 일반 회계에 대응하는 개념이다. 특별회계는 각종 특별회계법에 의하여 설치된다.
따라서 회계는 그 회계를 설치한 기본법의 적용을 받으며 특별법규에 규정되지 않은 사항은 예산회계법에 따라 경리하게 된다.
특별회계는 특정한 사업을 운영할 때(사업특별회계), 특정한 자금을 보유하여 운영할 때(자금특별회계) 기타 특정한 세입으로써 특정한 세출에 충당함으로써 일반의 세입·세출과 구분하여 경리할 필요가 있을 때(경리특별회계)에 한하여 법률로써 설치한다. 특별회계는 기업회계의 원칙에 따라 계리하여야 한다.
현행 우리나라의 각종 특별회계를 위의 3대 분류기준에 따라 구분하여 보면 철도, 전매, 양곡, 통신, 조달사업 등 일련의 특별회계는 사업특별회계의 범주에 속하는 것이며, 경제개발, 문화재관리, 교도작업 등의 특별회계는 구분경리특별회계의 범주에 속하는 것이다. 특히 구분경리특별회계는 소위 예산통일성원칙의 예외로써 전통적인 예산편성원칙에 위배되는 회계제도이다.